मथुरा का एक प्राचीन इतिहास और कृष्ण जी की मातृभूमि और जन्मस्थान भी है जो यदु वंश में पैदा हुऐ थे मथुरा संग्रहालय में भारत के पुरातात्विक सर्वेक्षण के अनुसार, शहर का सबसे पुराना भारतीय महाकाव्य रामायण में उल्लेख किया गया है। महाकाव्य में, इक्ष्वाकू राजकुमार शत्रुघना ने लवणसुरा नामक राक्षस को मार दिया और भूमि का दावा किया। इसके बाद, यह स्थान मधुवन के रूप में जाना जाने लगा क्योंकि यह मोटे तौर पर जंगली थी, फिर मधुपुरा और बाद में मथुरा।
छठी शताब्दी में बीसीई मथुरा सुरसेना साम्राज्य की राजधानी बन गई। बाद में शहर को मौर्य साम्राज्य (चौथी से दूसरी शताब्दी ईसा पूर्व) द्वारा शासित किया गया था। तीसरी शताब्दी ईसा पूर्व में लिखने वाले मेगास्थेन्स ने मथुरा को Μέθορα (मेथोरा) नाम के तहत एक महान शहर के रूप में उल्लेख किया है। ऐसा लगता है कि यह कभी भी निम्नलिखित शुंगा राजवंश (2 शताब्दी ईसा पूर्व) के प्रत्यक्ष नियंत्रण में नहीं था क्योंकि मथुरा में शूंगा उपस्थिति का एक पुरातात्विक अवशेष कभी नहीं पाया गया था। मथुरा 180 ईसा पूर्व और 100 ईसा पूर्व के बीच कुछ समय के दौरान भारत-ग्रीक के नियंत्रण, प्रत्यक्ष या अप्रत्यक्ष नियंत्रण में आ गया था, और यवनराज्य शिलालेख के अनुसार 70 ईसा पूर्व के रूप में तब तक बना रहा, जो मगहेरा में पाया गया था, जो कि 17 किलोमीटर दूर है (11 मील) मथुरा से। ब्रह्मी लिपि में इस शिलालेख के 3 लाइन पाठ के उद्घाटन का अनुवाद इस प्रकार है: “यवन साम्राज्य के 116 वें वर्ष में …” या “यवाना हेगेमोनी के 116 वें वर्ष में” (“यवनाराज्य”) हालांकि, यह भी संबंधित है मथुरा में स्थानीय शासकों के मूल मित्र वंश की उपस्थिति, लगभग उसी समय फ्रेम (150 ईसा पूर्व -50 ईसा पूर्व) में, संभवतः भारत-ग्रीक के साथ एक वास रिश्ते को इंगित करती है।
स्थानीय शासनकाल की अवधि के बाद, 1 शताब्दी ईसा पूर्व के दौरान मथुरा को भारत-सिथियन लोगों ने विजय प्राप्त की थी। मथुरा के इंडो-सिथियन सट्रप्स को कभी-कभी गुजरात और मालवा में “पश्चिमी सतही” शासन के विरोध में “उत्तरी सतपप्स” कहा जाता है। राजुवुला के बाद, कई उत्तराधिकारी कुशन के लिए वासल के रूप में शासन करने के लिए जाने जाते हैं, जैसे कि “ग्रेट सतप” खारपल्लाना और “सतप” वानस्पारा, जो सारनाथ में खोजे गए शिलालेख से ज्ञात हैं और कनिष्क के तीसरे वर्ष के दिनांक में हैं ( सी। 130 सीई), जिसमें वे कुशंस के प्रति निष्ठा का भुगतान कर रहे थे। माथुरान कला और संस्कृति कुशन वंश के तहत अपने चरम पर पहुंच गई, जिसमें मथुरा उनकी राजधानियों में से एक था, दूसरा पुरुषापुरा (आधुनिक दिन पेशावर, पाकिस्तान) था।
फैक्सियन ने शहर को 400 सीई के बारे में बौद्ध धर्म के केंद्र के रूप में उल्लेख किया है, जबकि उनके उत्तराधिकारी जुआनजांग, जिन्होंने 634 सीई में शहर का दौरा किया था, ने इसे मोटोउलो के रूप में उल्लेख किया है, जिसमें रिकॉर्डिंग है कि इसमें बीस बौद्ध मठ और पांच ब्राह्मण मंदिर शामिल हैं। बाद में, वह पूर्व पंजाब के थानेसर, जलंधर से पूर्व में गए, मुख्य रूप से कुल्लू घाटी में थेरावाड़ा मठों की यात्रा करने और यमुना नदी पर दक्षिण-पूर्व में बैराट और फिर मथुरा में जाने के लिए चढ़ाई करने से पहले।
शहर को बर्खास्त कर दिया गया था और इसके कई मंदिर 1018 सीई में गजनी के महमूद और फिर सिकंदर लोढ़ी द्वारा नष्ट हुए, जिन्होंने 148 9 से 1517 सीई तक दिल्ली के सल्तनत पर शासन किया था। सिकंदर लोढ़ी ने ‘बट शिकान’, ‘हिंदू देवताओं के विनाशक’ का उल्लेख अर्जित किया। मुगल सम्राट औरंगजेब ने अपने शासन के दौरान शाही-ईदगाह मस्जिद का निर्माण किया, जो कि श्री कृष्ण जन्माभूमि के निकट है, जो एक हिंदू मंदिर पर माना जाता है।